5年度大綱にインボイス制度での負担軽減措置と登録手続きの見直しが盛り込まれ、登録申請の柔軟化が行われました。
インボイス制度に対して免税事業者がインボイス発行事業者となるのに、税負担、事務負担増に対し対応が盛り込まれました。

①納税額の負担軽減
インボイス制度の導入にあたり、免税事業者が課税事業者を選択した場合の負担軽減を図るため納税額を売上税額の2割に軽減する措置を3年間講じられました。これにより、簡易課税に比べ事務負担が大幅に軽減されます。

②中小事業者等の事務負担の軽減
事務負担の軽減案で、現在は3万未満の課税仕入及び請求書等の交付を受けなかったことについてやむを得ない理由があるときは、一定の事項を記載した帳簿の保存のみで仕入税額控除が認められる旨の規定があり、インボイス制度の開始後は廃止されますが、柔軟な移行ができるように新たな事務負担の軽減措置が行われました。
具体的には基準期間における課税売上高が1億円以下である事業者に対しては、施行(令和5年10月)から6年間、1万円未満の課税仕入についてインボイスの保存がなくても帳簿のみで仕入税額控除を可能とされました。
基準期間における課税売上高が1億円超であったとしても、前年または前年事業年度開始の日以降が月の期間売上が5,000万以下である場合は措置の対象とすることが盛り込まれています。